🌱 La fonte des semis
Un plateau de tomates levé en beauté, puis des plantules couchées au ras du terreau d'un jour à l'autre : c'est la fonte des semis. Elle est due à des organismes du sol que l'on trouve à peu près partout, et ce sont les conditions du semis qui leur laissent le champ libre : semis serré, terreau trop mouillé, air humide qui ne circule pas, lumière et chaleur insuffisantes. Ce guide suit les fiches de la Royal Horticultural Society et de l'université de Penn State.

✅ L'essentiel
- Le signe : une lésion brune autour de la tige, près du terreau, et la plantule qui tombe.
- Semez clair : la RHS et Penn State comptent le semis serré parmi les causes.
- Aérez et n'arrosez pas trop : l'humidité stagnante est la condition commune à tous les cas.
- Terreau neuf, godets propres : jamais de terreau ni de pots ayant déjà connu la maladie.
- Pas de rattrapage : une plantule couchée est perdue, on protège les voisines.
Une lésion au ras du terreau et la plantule tombe
La fonte des semis frappe à deux moments. Avant la levée, la graine ou le germe pourrit dans le terreau : la RHS parle alors d'une levée « par plaques », avec des trous dans le plateau qu'on attribue souvent à de mauvaises graines. Après la levée, la plantule s'affaisse brutalement. Le manuel des maladies des plantes du Nord-Ouest américain décrit une lésion brune et creusée près de la surface du terreau ; quand elle fait le tour de la tige, la plantule tombe et meurt vite. Sur les plants couchés, un feutrage blanchâtre apparaît souvent, surtout quand le semis est serré et l'air humide.
Agenouillez-vous à hauteur du plateau et regardez la base de la tige. C'est elle qui fait la différence avec les autres pannes de semis.
| Ce que vous voyez | Cause probable | Que faire |
|---|---|---|
| Plantule couchée, tige brune et pincée près du terreau | Fonte des semis | Retirer les plantules atteintes, laisser sécher, aérer, éclairer |
| Levée par plaques, graines pourries dans le terreau | Fonte avant la levée, ou graines trop vieilles | Ressemer clair dans un terreau neuf et des godets propres |
| Tige longue, pâle et molle, plant penché vers la vitre, sans lésion | Manque de lumière | Rapprocher de la lumière ou ajouter un éclairage |
| Feuilles du bas qui jaunissent, plant qui stagne | Terreau épuisé ou détrempé | Repiquer en godet dans un terreau neuf, arroser moins souvent |
| Plant entièrement flétri, terreau sec | Manque d'eau | Arroser par le bas, puis surveiller plus souvent |
Quatre organismes du sol en cause
Le nom de fonte des semis regroupe plusieurs maladies aux symptômes identiques. La RHS cite Pythium et Phytophthora, des organismes proches des champignons que l'on classe aujourd'hui à part, ainsi que deux vrais champignons, Rhizoctonia et Fusarium. Tous sont communs dans le sol. Pour Penn State, Pythium est le plus souvent en cause ; selon le programme de lutte intégrée de l'université de Californie, il attaque d'abord par l'extrémité des racines.
Ils n'ont pas tous les mêmes préférences. Certains Pythium aiment le frais et le mouillé, tandis que Rhizoctonia et d'autres Pythium provoquent la maladie dans des conditions plus sèches et plus chaudes, note l'université de Californie. Au jardin, cela ne change rien : on ne sait pas lequel est là, et les mêmes précautions valent pour tous.
Températures du terreau données par Penn State Extension (fiche Damping-off, 2023), qui conseille un chauffage par le dessous pour tenir le terreau entre 22 et 24 °C pendant la germination.
Les conditions qui déclenchent l'attaque
La présence de ces organismes ne suffit pas. Le manuel du Nord-Ouest américain résume ce qui leur donne l'avantage : un terreau froid et mouillé, un air très humide, un temps couvert, des plantules serrées, une serre mal aérée, un terreau ou du matériel contaminés. La RHS ajoute que la maladie fait le plus de dégâts au printemps, quand la lumière et la température sont basses et que les semis poussent lentement.
- Le semis serré. Penn State et la RHS le citent tous deux. Les plantules qui se touchent gardent l'humidité au pied des tiges, et la maladie passe de l'une à l'autre.
- L'excès d'eau. Penn State met en cause un terreau trop humide et les brumisations trop fréquentes par le haut. La RHS dit simplement : n'arrosez pas trop.
- L'air qui ne circule pas. La RHS demande de bien ventiler pour faire baisser l'humidité autour des semis.
- La température. Penn State signale un terreau sous 20 °C avant la levée et au-dessus de 25 °C après.
- La croissance lente. Peu de lumière et du froid au printemps laissent la plantule fragile plus longtemps, selon la RHS.
- La contamination. Terreau réutilisé, terre du jardin, godets sales, eau d'une cuve où tombent des feuilles.
Le risque ne dure qu'un temps. Robert Pavlis, botaniste, rappelle que la fonte touche les petites plantules : une fois les vraies feuilles formées, la tige durcit et le plant devient bien moins sensible.
Semer clair et éclaircir aux ciseaux
Semer clair est la mesure la plus simple, et la RHS la compte parmi ses précautions essentielles. Pour les grosses graines comme la tomate ou la courge, une graine par alvéole. Pour les petites, deux ou trois, et l'on garde la plus belle dès que les cotylédons sont ouverts. En terrine, espacez les graines plutôt que de les jeter en pincée.
Pour éclaircir, coupez les plantules en trop au ras du terreau avec de petits ciseaux. Arracher soulève le terreau et dérange les racines des voisines.
Arroser moins et laisser sécher la surface
Le terreau d'un semis doit rester frais, pas détrempé. Penn State conseille une humidité régulière pendant la germination et met en garde contre les brumisations répétées par le haut, qui gardent le pied des tiges mouillé. Robert Pavlis va plus loin : attendre que la surface du terreau soit sèche avant d'arroser, et faire tourner un petit ventilateur. Pour lui, le ventilateur et un arrosage réduit sont les deux mesures qui comptent le plus.
L'arrosage par le bas s'y prête bien : posez le plateau quelques minutes dans un bac avec un ou deux centimètres d'eau, retirez-le dès que la surface fonce, et laissez égoutter. Le terreau se charge par en dessous et la surface reste plus sèche. Un plateau ne doit jamais rester posé dans l'eau.
Le dôme ou le film plastique garde l'humidité dont la graine a besoin pour germer. Une fois les plantules sorties, il entretient un air saturé autour des tiges. Retirez-le, au moins en partie, dès les premières levées, comme le conseille Robert Pavlis, sans attendre que toutes les graines soient sorties.
Aérer pour faire baisser l'humidité
La RHS demande de garder les semis bien ventilés, et le manuel du Nord-Ouest américain compte la mauvaise aération des serres parmi les causes. Dans une serre ou un châssis, ouvrez dès que la température extérieure le permet, même brièvement. Dans un appartement, un petit ventilateur réglé au minimum et dirigé à côté du plateau fait circuler l'air autour des tiges sans dessécher les plantules.
Un terreau neuf et des godets propres
La RHS conseille de semer dans un terreau du commerce, en général exempt des organismes de la fonte, et Penn State dit la même chose des terreaux sans terre vendus en sac. Le risque vient du terreau réutilisé, du compost maison et de la terre du jardin. Si vous tenez à les employer, Penn State conseille de les chauffer à environ 82 °C et de les y maintenir 30 minutes ; le manuel du Nord-Ouest américain indique que la plupart des pathogènes meurent à 70 °C pendant 30 minutes, à la vapeur.
Ce qui limite le risque
- Un terreau de semis neuf, sorti d'un sac fermé.
- Des godets et plateaux neufs, ou brossés, lavés et désinfectés.
- L'eau du réseau pour les semis en godet, ou une cuve couverte.
- Des plateaux posés sur une table propre, jamais à même le sol.
Ce qui l'augmente
- Le terreau de l'an dernier, la terre du jardin, un compost maison non chauffé.
- Des godets rangés sales d'une saison à l'autre.
- L'eau d'une cuve ouverte où tombent feuilles et débris.
- Un terreau ou des godets qui ont déjà connu la fonte.
Pour les godets, la RHS conseille de brosser la terre, de laver, puis de désinfecter et de laisser sécher avant de ranger. Le manuel du Nord-Ouest américain propose un bain d'eau de Javel diluée à 10 % ou d'eau oxygénée à 3 %. Et la RHS est formelle : ne réutilisez jamais des pots ni des plateaux dans lesquels la fonte s'est déjà déclarée. Côté eau, elle préfère l'eau du réseau pour les semis en godet ; si vous utilisez l'eau de pluie, couvrez la cuve pour que les feuilles et débris qui peuvent abriter ces organismes n'y tombent pas, et nettoyez-la régulièrement.
Lumière et chaleur pour une levée rapide
Plus la plantule pousse vite, moins elle reste longtemps à la merci de la maladie. L'université de Californie note que des plantules vigoureuses, issues de bonnes graines et cultivées sous une lumière et une température idéales, peuvent survivre en présence de ces organismes, et conseille de semer quand les conditions permettent une levée rapide. D'où le conseil de Penn State de chauffer le terreau par le dessous pendant la germination.
Le problème se pose surtout pour les semis de février et mars derrière une fenêtre : la lumière y est faible, et les plantules s'allongent en penchant vers la vitre. Un éclairage horticole placé au-dessus du plateau, une pièce un peu moins chaude une fois la levée faite et un plateau tourné chaque jour donnent des tiges plus courtes et plus solides. Notre guide sur les semis en intérieur donne pour chaque légume la température de levée et la bonne date de semis : semer trop tôt allonge la période à risque sans rien faire gagner.
Quand des plantules sont déjà tombées
Les plantules couchées ne se relèveront pas. Robert Pavlis le dit sans détour : les plantules atteintes ont peu de chances de s'en remettre, et celles qui sont à terre sont perdues. On peut en revanche empêcher la maladie de gagner le reste du plateau, à condition d'agir vite.
- Tout de suite
Retirez les plantules tombées avec un peu du terreau qui les entoure, sans les laisser traîner dans le plateau.
- Le même jour
Arrêtez d'arroser le temps que le terreau sèche un peu autour des plants, retirez le couvercle, et donnez le plus d'air et de lumière possible, comme le conseille le manuel du Nord-Ouest américain.
- Dans la foulée
Éclaircissez aux ciseaux ce qui reste trop serré pour que l'air passe entre les tiges.
- Si la maladie progresse
Repiquez les plants sains dans des godets propres et un terreau neuf, en gardant le collet hors du terreau mouillé. Voir réussir le repiquage.
- Après la saison
Ne réutilisez ni ce terreau ni ces plateaux pour un semis : la RHS déconseille de reprendre des contenants où la fonte s'est déclarée.
Les remèdes de grand-mère n'ont pas fait leurs preuves. Pour la cannelle, Robert Pavlis a trouvé des essais en laboratoire d'extraits et d'huiles essentielles qui freinent des champignons, mais aucun essai avec la poudre saupoudrée sur le terreau. Il n'a trouvé aucune preuve pour le sable sec étalé en surface, et l'étude qu'il cite sur des extraits aqueux de vingt-deux plantes n'a vu aucun effet de la camomille. Aucun fongicide n'est par ailleurs autorisé aux jardiniers contre la fonte des semis, rappelle la RHS.
Selon votre zone
La maladie se joue à l'intérieur, mais le climat décide de la date des premiers semis et du temps que les plants passent à l'abri. Dans les zones Nord et Montagne, où l'on sème tôt pour une saison courte, les plateaux restent longtemps dans une lumière faible : c'est là qu'un éclairage d'appoint et une aération quotidienne servent le plus. Sur la façade atlantique, l'air humide rend la ventilation prioritaire. En Méditerranée, la lumière arrive plus tôt et les plants sortent plus vite sous châssis, mais le semis serré et l'arrosage excessif produisent les mêmes effets qu'ailleurs. Pour connaître votre zone, utilisez trouver ma zone.
Notre position
Trois gestes suffisent dans la plupart des cas : semer une graine par alvéole, retirer le couvercle dès la levée, n'arroser que lorsque la surface a séché. Ajoutez un terreau neuf et des godets propres, et la fonte devient rare.
N'achetez pas de produit miracle. Aucun fongicide n'est autorisé aux amateurs contre cette maladie, et la cannelle n'a jamais été testée telle qu'on l'emploie au jardin. L'aération, la lumière et un arrosage mesuré font tout le travail.
Questions fréquentes
Comment reconnaître la fonte des semis ?
Après la levée, la plantule s'affaisse d'un coup : près du terreau, la tige porte une lésion brune et creusée qui l'entoure, et un feutrage blanc couvre parfois les plantules tombées. Avant la levée, la maladie fait pourrir la graine ou le germe, et le semis lève par plaques. Une plantule longue et pâle qui se couche sans lésion manque de lumière, ce n'est pas la fonte.
Peut-on sauver un semis déjà atteint ?
Les plantules couchées sont perdues. On peut en revanche freiner la propagation aux voisines : retirer les plantules atteintes, arrêter d'arroser le temps que le terreau sèche un peu autour des plants, donner le plus d'air et de lumière possible, comme le conseille le manuel des maladies des plantes du Nord-Ouest américain. La RHS rappelle qu'aucun fongicide contre la fonte des semis n'est autorisé pour les jardiniers amateurs.
Faut-il stériliser le terreau de semis ?
Pas un terreau du commerce neuf : la RHS et Penn State le jugent en général exempt des organismes de la fonte des semis. La question se pose pour un terreau maison, réutilisé ou mélangé à de la terre du jardin. Penn State conseille alors de le chauffer à environ 82 °C et de le maintenir 30 minutes à cette température. Ne réutilisez jamais un terreau ni des godets où la fonte s'est déjà déclarée.
La cannelle protège-t-elle les semis de la fonte ?
Rien ne le prouve. Le botaniste Robert Pavlis a passé en revue les études : des extraits et des huiles essentielles de cannelle freinent des champignons en boîte de Petri, mais aucune étude n'a testé la poudre saupoudrée sur le terreau, comme le font les jardiniers. Elle n'a rien de dangereux, mais elle ne remplace ni un semis clair, ni un terreau propre, ni l'aération.
Quelles plantes sont les plus touchées par la fonte des semis ?
La RHS indique qu'elle peut toucher la plupart des semis. Le risque tient surtout aux conditions : semis faits tôt au printemps à l'abri, avec peu de lumière et des températures basses qui ralentissent la croissance, en terrine serrée et dans un air humide. Tomates, aubergines, poivrons, basilic, choux et salades semés en intérieur en février et mars cumulent souvent ces conditions.
- Royal Horticultural Society, Damping off : rhs.org.uk/disease/damping-off
- Gary W. Moorman, Penn State Extension, Damping-off, mis à jour le 27 novembre 2023 : extension.psu.edu/damping-off
- University of California, programme de lutte intégrée (UC IPM), Damping-off, floriculture et pépinières : ipm.ucanr.edu
- Pacific Northwest Plant Disease Management Handbook, Greenhouse plants, vegetables : damping-off, révision de mars 2026 : pnwhandbooks.org
- Robert Pavlis, Garden Myths, Cinnamon : does it stop damping off in seedlings ? et Damping off disease, prevention and treatment : gardenmyths.com